A raíz de una denuncia por inhumación ilegal, presentada el 31 de mayo de 1990 por la Vicaría de la Solidaridad ante el Juzgado de Pozo Almonte, se inicia una investigación judicial destinada a corroborar versiones de testigos que hablaban de ejecuciones realizadas en Pisagua, así como de lugares de inhumación de los restos.

Al día siguiente, por orden judicial, se daba inicio a las diligencias. El 2 de junio de 1990 se produce el hallazgo en el sector norponiente del Cementerio de Pisagua. En ese lugar, los prisioneros habían sido fusilados y arrojados a una fosa común, donde se cubrieron con cal y tierra.

En esta fosa -de 2,10 metros de ancho, por 11 de largo y 2,00 metros de profundidad-, se encuentran 19 osamentas que fueron identificadas y entregadas a sus familiares.

• Tomás Orlando Cabello Cabello, 44 años, comerciante, sin militancia política. Detenido el 1 de noviembre de 1973.
• Nicolás Chanez Chanez, 42 años, dueño de camiones, sin militancia política. Detenido el 19 de noviembre de 1973.
• Juan Apolinario Mamani García, 27 años, chofer, sin militancia política. Detenido entre el 18 y el 20 de noviembre de 1973.
• Luis Aníbal Manríquez Wilden, 44 años, comerciante, sin militancia política. Detenido el 2 de noviembre de 1973.
• Hugo Tomás Martínez Guillén, 36 años, comerciante, sin militancia política. Detenido el 2 de noviembre de 1973.
• Juan Orlando Rojas Osega, 38 años, comerciante, sin militancia política. Detenido el 2 de noviembre de 1973.
• Manuel Eduardo Sanhueza Mellado, 30 años, obrero, militante de las Juventudes Comunistas. Detenido el 10 de julio de 1974.
• Julio César Cabezas Gacitúa, 45 años, abogado, sin militancia política. Se presentó voluntariamente ante las autoridades al ser llamado por Bando el 14 de septiembre de 1973.
• Juan Efraín Calderón Villalón, 25 años, empleado, militante del Partido Socialista. Detenido el 14 de septiembre de 1973.
• José Rufino Córdova Croxato, 35 años, administrador portuario militante del Movimiento de Acción Popular Unitaria (MAPU). Detenido el 11 de septiembre de 1973.
• Marcelo Omar Guzmán Fuentes, 34 años, jefe área salud, militante del Partido Socialista. Se presentó voluntariamente ante las autoridades al ser llamado por Bando el 16 de septiembre de 1973.
• Humberto Lizardi Flores, 26 años, profesor, militante del Movimiento de Izquierda Revolucionaria (MIR). Detenido el 11 de septiembre de 1973.
• Luis Alberto Lizardi Lizardi, 29 años, empleado portuario, militante del Partido Socialista. Detenido el 11 de septiembre de 1973.
• Nelson José Márquez Augusto, 31 años, obrero, militante del Partido Comunista. Detenido con posterioridad al 11 de septiembre de 1973.
• Mario Morris Barrios, 27 años, vista de aduana, sin militancia política. Detenido el 11 de septiembre de 1973.
• Germán Edilio Palominos Lamas, 25 años, empleado.
• Luis Alberto Toro Castillo, 34 años, mecánico FFCC, militante del Partido Comunista, PC. Detenido el 1 de octubre de 1973.
• Juan Valencia Hinojosa, 51 años, jefe administrativo, militante del Partido Comunista. Se presentó voluntariamente al ser requerido por Bando Militar el 11 de septiembre de 1973.
• Alberto Amador Yáñez Carvajal, 31 años, empleado, militante del Partido Comunista. Detenido el 5 de septiembre de 1974.

Además, aparecen restos óseos fragmentados, que en el año 2008 son periciados y se establece que se trata de restos antiguos.  Los cuerpos de diez de los prisioneros que fueron ejecutados en Pisagua por Consejo de Guerra del 29 de octubre de 1973 o Ley de Fuga aún no han sido encontrados.

Los restos de, Isaías Higuera Zúñiga, 39 años, gendarme en la Cárcel de Iquique, militante del Partido Comunista. Muerto el 17 de enero de 1974 en Pisagua,  fueron entregados a su cónyuge dentro de una urna sellada.