En la madrugada del 31 de octubre, fue detenido en su domicilio y ante testigos el dirigente sindical comunista y amigo de infancia de Francisco Ortiz, José Santos ROCHA ALVAREZ. A partir de entonces no se han vuelto a tener noticias suyas.
La Comisión está convencida de que su desaparición fue obra de agentes del Estado, quienes violaron así sus derechos humanos.