Juan Emilio Alvial Mondaca desapareció alrededor de la tercera semana de marzo de 1974, después de ser detenido por un grupo de carabineros y civiles en la calle Matucana, en presencia de testigos.

De acuerdo con los antecedentes entregados por testigos, en el momento de su desaparición Juan Alvial era un activo militante del Partido Comunista que vivía en la clandestinidad. Antes de su detención, agentes de la Policía de Investigaciones allanaron el domicilio donde funcionaba el núcleo político al cual pertenecía.

La prensa de la época informó en esa oportunidad que se había capturado a una célula extremista y que el jefe de ésta -Juan Alvial- estaba prófugo. Simultáneamente, se encargó su ubicación y detención a la Quinta Comisaría Judicial de Investigaciones, imputándole participación en un asalto.

A raíz de estos hechos, se instruyó un Consejo de Guerra en contra suya y de otras tres personas, por formación de células paramilitares. Una de las personas detenidas en esta investigación declaró haberlo visto con vida en junio de 1974 en el Cuartel Central de Investigaciones. Asimismo, en diciembre de ese año, un testigo calificado escuchó, mientras se encontraba detenido, que dos agentes comentaban su reciente asesinato.

Considerando los antecedentes reunidos y la investigación realizada por esta Corporación, el Consejo Superior llegó a la convicción de que Juan Emilio Alvial Mondaca fue detenido y hecho desaparecer por agentes del Estado, por lo que lo declaró víctima de violación de derechos humanos.