Juan Bautista Avila Velásquez desapareció alrededor de la tercera semana de octubre de 1973, en el trayecto desde la Cárcel a la Comisaría de Carabineros ubicada en calle Beauchef, en la ciudad de Valdivia, después de haber estado detenido e incomunicado durante 21 días. Desde entonces se desconoce su paradero.

Juan Avila fue detenido aproximadamente el 18 de septiembre de 1973, en el interior de Liquiñe, junto con su hermana Yolanda Avila Velásquez y su cuñado José Gregorio Liendo Vera, conocido como «Comandante Pepe», alto dirigente del Movimiento de Izquierda Revolucionaria (MIR) de la zona de Panguipulli. Los tres detenidos permanecieron unos días en el retén de Carabineros de esa localidad y luego se les trasladó a la Cárcel Pública de Valdivia. En el recinto policial, Juan Avila fue torturado y en la cárcel recibió malos tratos, por lo que su estado físico y psicológico eran muy precarios y casi no podía caminar.

El día de su desaparición salió de la cárcel junto con un grupo de detenidos, todos los cuales habían recibido la orden de presentarse de inmediato en la Comisaría de Carabineros de calle Beauchef para obtener un salvoconducto. Sin embargo, debido a su estado físico debió separarse del grupo y detenerse a descansar. Desde ese momento se desconoce su paradero.

Considerando los antecedentes reunidos y la investigación realizada por esta Corporación, el Consejo Superior declaró a Juan Bautista Avila Velásquez víctima de violación a los derechos humanos.